La saison sèche, de mai à septembre, est la meilleure période pour visiter, avec des journées chaudes et le plus souvent ensoleillées, idéales pour les temples, le Merapi et les plages, même si juillet et août sont les mois les plus fréquentés et les plus chers. La saison des pluies, d'octobre à avril, apporte de fortes averses l'après-midi, à leur maximum en décembre et janvier, quand des sites en plein air comme Borobudur peuvent être détrempés. Mai et septembre offrent un bon équilibre entre beau temps et foule plus clairsemée.
Yogyakarta se trouve au pied du mont Merapi, l'un des volcans les plus actifs du monde, et dans une région sujette aux séismes. Éruptions et secousses sont rares pendant un séjour mais se produisent ; suivez les consignes officielles et toute zone d'exclusion, et ne faites les tours en jeep du Merapi qu'avec des opérateurs établis.
La circulation est dense et dominée par des scooters qui se faufilent et s'arrêtent rarement pour les piétons, et les traversées sont informelles. Traversez d'un pas régulier avec les habitants, faites attention sur les trottoirs étroits, et si vous louez un scooter, portez un casque et sachez que les règles de la route sont souples.
Les temples et les plages sont chauds et exposés avec peu d'ombre, et le soleil équatorial est fort. Emportez de l'eau, portez un chapeau et de la crème solaire, et programmez Borobudur, Prambanan et la côte pour la fraîcheur du petit matin ou de la fin d'après-midi.