Le printemps (de fin mars à mai) apporte les cerisiers en fleurs et un climat doux, tandis que l'automne (d'octobre à novembre) offre des journées fraîches et claires aux feuillages colorés. L'été est chaud, humide et propice aux typhons, et l'hiver est froid mais sec, avec des journées le plus souvent ensoleillées.
Le Japon est sismiquement actif et les légères secousses sont fréquentes. Repérez les issues de votre hébergement à votre arrivée et suivez les instructions du personnel en cas de séisme ; pour un court séjour, aucune préparation particulière n'est nécessaire au-delà de cette vigilance.
L'été peut être très chaud et humide, augmentant le risque de coup de chaleur. Emportez de l'eau, profitez des distributeurs automatiques très répandus et des espaces climatisés, et prévoyez les visites en extérieur aux heures les plus fraîches.
Les trains sont extrêmement bondés aux heures de pointe du matin et du soir. Gardez vos sacs devant vous, évitez les heures de pointe avec des bagages si possible, et respectez les marquages de file d'attente sur les quais.